礦物燃料能源的使用有很嚴重的副作用．用煤及石油對環境的侵犯引至人類疾病的增加，造成對生態系統的干擾，以及形成氣候變化的威脅．
人類毎年排放八千萬噸的硫到大氣層，其中 85% 是來自礦物燃炓的燃燒．天然流入大氣層的硫便只有三千萬噸．大量的硫進入大氣層的後果計有酸雨，水及泥土的變酸，森林滅亡，人類呼吸道疾病及健康成本的增加，以及農業生產的損失．
人類毎年也排放約二十萬噸的铅到大氣層，其中 40% 是來自礦物燃料的燃燒，相當於天然流入大氣層之铅數量的十八倍．
事實上，大氣層中的二氧化碳含量從工業化年代前的以體積計百萬份之280 (280 ppm) 上升至今天的 380 ppm ．其中礦物燃料的燃燒佔了人為排放二氧化碳的 75% ．
一些值得留意的事情是：不是所有的人為環境污染也跟礦物燃料有關．例如毎年到了甘蔗收割之時，為了令到收割過程省力一點，工人在用砍刀收割甘蔗前都會先把甘蔗田燃燒一遍，以去除乾了的葉及驅除蛇及其他動物，但硏究顯示燃燒甘蔗田會釋放出大量的氮氣 (Nitrogen)，加重種植甘蔗的地區之空氣污染問題．被釋放的氮是以氨 (Ammonia)及氧化氮 (Nitrogen oxides, NOx)的狀態存在，起作用而產生臭氧．
在燃燒時所釋放出的氮的份量相當於為甘蔗施肥的氮的份量的35%．在這些氮當中，只有一部份返回泥土再給土地施肥，沒有返回泥土的氮便造成酸雨，臭氧的問題，以及令河流及湖泊的水質變差．
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延伸閱讀
[6] K. Bilen, O. Ozyurt, K. Bakirci, S. Karsli, S. Erdogan, M. Yilmaz, O. Comakli, Energy production, consumption and environmental pollution for sustainable development: A case study in Turkey, Renewable & Sustainable Energy Reviews, 12 (2008), pp. 1529~1561.
[7] Erika Engelhaupt, Burning sugarcane releases ozone-producing nitrogen, Environmental News, Environmental Science & Technology, January 15, 2008, pp. 335.
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